El más genuino y primitivo santuario de la Vera Cruz, en la Edad Media, era una de las torres que se integraba simultáneamente en el castillo interior y en la fortaleza exterior, coincidente en la actualidad con la capilla mayor de la que forma parte el presbiterio de la actual Real Basílica de la Vera Cruz. La estancia interior de la Torre de la Vera Cruz se había convertido en una Capilla en la que estaba depositada la Cruz, desde su aparición en el siglo XIII. Se trataba de un espacio bastante reducido, de ahí la necesidad de adosarle una nave, a modo de templo, ya existente en 1480, que estaba separada de la referida torre por una reja. Durante el siglo XVI, el culto a la Vera Cruz había experimentado un importante impulso, con afluencia continuada de peregrinos.
La iglesia medieval se había convertido en un espacio insuficiente. En 1617 se inicia la construcción del actual templo o Real (por el apoyo económico de Felipe III) Capilla de la Santísima y Vera Cruz, que es inaugurado el 3 de mayo de 1703, si bien la portada no se culminaría hasta los años cuarenta del siglo XVIII. En 2007, el Papa Benedicto XVI, quien en 2002, siendo Cardenal había oficiado Misa en el Santuario, otorgó el título de Basílica Menor, con los atributos que ello comporta.
El proyecto del templo se encargó al arquitecto carmelita Fray Alberto de la Madre de Dios, quien le infundiría las características del estilo herreriano o escurialense. No obstante, la portada, al realizarse mucho más tarde, se incluye en las corrientes del barroco murciano y levantino del siglo XVIII, siendo seguramente José Vallés, Maestro de la Colegiata de Lorca, su proyectista. El interior se caracteriza por una gran sobriedad de líneas, en las que la geometría juega un papel esencial y anuncia el racionalismo del barroco. Destaca el peculiar presbiterio, dotado de dos capillas superpuestas y adaptado a la primitiva Torre de la Vera Cruz. Observamos una bóveda de cañón en la nave principal y de crucería en las laterales. Asimismo, al ser concebida como iglesia de peregrinación, también se le dotó de una tribuna que, conectando con el coro, la circunvala. La cúpula descansa en un bello tambor con decoración de recuerdo renacentista pero plenamente escurialense. Por su parte, la portada, a modo de retablo barroco en piedra, se caracteriza por su riqueza simbólica y decorativa, plena de armonía, en donde el juego de volúmenes, luces y sombras, dotan a esta obra de gran personalidad y belleza.
